I segni-radice compongono i caratteri scritti della scrittura proto-europea attraverso due principi organizzativi.
Il primo è quello delle loro variazioni multiple: venivano modificati dall'impiego di una serie di geometrie che non appaiono quasi mai come segni indipendenti (soprattutto uno o due trattini, ma anche piccole croci, punti, archetti...).
In secondo luogo, i segni-radice potevano essere duplicati-moltiplicati o invertiti.
Il sofisticato principio organizzativo della variazione multipla caratterizza altri sistemi di scrittura, ma fu impiegato per la prima volta nello script proto-europeo (Haarmann 1998).

Dei 231 caratteri individuali che lo compongono, ben 141 sono di base (o semplici), 90 derivati (o composti) da una variazione semplice o complessa dei segni di base (Haarmann, 1995).